Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,032,968 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,032,968 | 0 | A | T | 99.0% | 737.6 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,032,969 | 0 | C | G | 100.0% | 742.9 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (148/162); total (148/162) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,032,970 | 0 | T | A | 99.4% | 739.1 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (145/162); minor base G (2/0); total (148/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
TTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGACTGTATTGTCCGTGACTATCGAGTTCTGGGGAATATCTGGATAAATCAACACTATCATCGATTCCTGGCCCGAAGAGGTAAGTATCAGCGCCTTCATTAGAGATACTCACATGCACTTTCTGACCTTTTTTGGCATAGAAGGTATATGTATCGTAATCGTATCCCTTTATTTCGCCGGAGTACTGAGCGCTGCTATGGCCTTTTCTGAACTCAACATTGACATTCTTACCCGCAGCAAAGCTCGTGGAGGTTAGCAGTGCAAGCAGCAATACAG > CP042583/1032690‑1033242 ||| tgGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTg > 2:1205840/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |