| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 484,136 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 484,136 | 0 | G | C | 99.5% | 918.8 / ‑4.8 | 393 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 484,137 | 0 | C | G | 99.5% | 910.7 / NA | 393 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (185/204); total (188/205) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 484,138 | 0 | T | A | 99.5% | 926.7 / NA | 393 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (186/204); total (188/205) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 393 total aligned reads displayed.
TACGTCCCGGCTCGTTATAGGTATACGCCCCGGCACCGGCGATATAGTTGGCCCCTGCCAAATCGCCCGTGGTCTGGGCATTACCCGCACGCCACAAACGTTTGTCGAACAGATTGTCCACG‑CCGCCGGTCAGACTGACATTCTTCGTCACATCCCAGGTCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATGCTCAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTACTGTTCAACGTATACTCCGGGATGATGCTCAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAAGCTTCCTTCCAGACCTTCAACCACCGCTTTCGGCACGTTATCCCACTGATAGAGATCGGTGCCGACTGCGTTTTGCCCTACAGCCACATAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCA > CP042583/483853‑484417 ||| tacgtCCCGGCTCGTTATAGGTATACGCCCCGGCACCGGCGATATAGTTGGCCCCTGCCAAATCGCCCGTGGTCTGGGCATTACCCGCACGCCACAAACGTTTGTCGAACAGATTGTCCACG‑CCGCCGGTCAGACTGACATTCTTCGTCACATCCCAGGTCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGTCaa > 2:2074403/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |