Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 484,289 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 484,289 | 0 | G | C | 99.7% | 769.8 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (166/157); minor base A (1/0); total (167/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 484,290 | 0 | C | G | 99.4% | 755.7 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (167/155); total (167/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 484,291 | 0 | T | A | 98.4% | 730.1 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base A (161/152); total (165/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
GGTCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATGCTCAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTACTGTTCAACGTATACTCCGGGATGATGCTCAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAAGCTTCCTTCCAGACCTTCAACCACCGCTTTCGGCACGTTATCCCACTGATAGAGATCGGTGCCGACTGCGTTTTGCCCTACAGCCACATAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGT > CP042583/484010‑484572 ||| tCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTCCGGGATGATCGACAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAACGATCCTTCCa < 1:1157092/288‑1 (MQ=255) cgcgCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTCCGGGATGATCGACAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAACGATCCTTCCAGa < 1:2001448/289‑1 (MQ=255) gcTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTCCGGGATGATCGACAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAACGATCCTTCCAGACCt > 1:1877371/1‑289 (MQ=255) gCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTCCGGGATGATCGACAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAACGATCCTTCCAGACCTTCAacc > 1:1838345/1‑289 (MQ=255) 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tGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTCCGGGATGATCGACAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAACGATCCTTCCAGACCTTCAACCACCGCTTTCGGCACGTTATCCCACTGATa < 2:2104339/289‑1 (MQ=255) tCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTCCGGGATGATCGACAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAACGATCCTTCCAGACCTTCAACCACCGCTTTCGGCACGTTATCCCACTGATAgaga > 1:1848468/1‑288 (MQ=255) ccGCT‑GCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTTCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTCCGGGATGATCGACAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAACGATCCTTCCAGACCTTCAACCACCGCTTTCGGCACGTTATCCCACTGATAGAGATCGGTGCCGACt < 1:1669651/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |