| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,041,039 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,041,039 | 0 | A | T | 99.3% | 699.8 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (154/140); minor base T (3/0); total (157/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,041,041 | 0 | C | G | 99.3% | 700.1 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (156/139); total (157/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
GTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTAGTGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGAGCGT‑GCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACAACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGGCGCTGGGCTTCTACCACAAAC > CP042583/1040761‑1041318 ||| tattGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGTCGGT‑GCGTACCAATATTTCCACTAttttt > 1:2524528/1‑289 (MQ=255) 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GTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTAGTGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGAGCGT‑GCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACAACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGGCGCTGGGCTTCTACCACAAAC > CP042583/1040761‑1041318 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |