| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 484,649 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 484,649 | 0 | G | C | 99.7% | 835.0 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 484,650 | 0 | C | G | 100.0% | 841.1 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (194/158); total (194/158) | |||||||||||
| * | CP042583 | 484,651 | 0 | T | A | 98.9% | 825.9 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (190/157); minor base C (3/1); total (194/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
ACATAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGGCTTATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGGCTGAAAATTTCTGCTTTACTATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATC > CP042583/484374‑484930 ||| caTAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAgcgc < 1:1865341/289‑1 (MQ=255) aTAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGcc < 1:1241734/289‑1 (MQ=255) aTAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGcc < 1:1587704/289‑1 (MQ=255) tAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCg > 1:689155/1‑289 (MQ=255) 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aaTCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTa < 2:1766701/289‑1 (MQ=255) tCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATTTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGcc < 1:1871312/275‑1 (MQ=255) tCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATTTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGcc > 2:1871312/1‑275 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |