| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,454,808 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,454,808 | 0 | A | T | 99.4% | 750.0 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,454,809 | 0 | G | C | 99.7% | 757.5 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (164/154); minor base A (1/0); total (165/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,454,810 | 0 | T | A | 99.1% | 759.0 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (163/153); minor base C (2/1); total (165/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
CTTCCTGCACGGCATTAGTGTTATTACGCTTGCCCAAAATATGAGTTCTCTGGCGGAAAAGTTTTCCACTGACAACGCGGGCATTGCCTACTTAATTTCCGGTATCGGTTTGGGGCGATTGATCAGTATTTTATTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGT‑GATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACAGTGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTAGCGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTG‑AGTTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCAC‑GCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACC > CP042583/1454528‑1455088 ||| gCACGGCATTAGTGTTATTACGCTTGCCCAAAATATGTCATCTCTGGCGGAAAAGTTTTCCACTGACAACGCGGGCATTGCCTACTTAATTTCCGGTATCGGTTTGGGGCGATTGATCAGTATTTTATTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGT‑GATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACg > 1:75870/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |