| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,454,868 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,454,868 | 0 | A | T | 100.0% | 799.5 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,454,869 | 0 | G | C | 100.0% | 792.7 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (164/169); total (164/169) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,454,870 | 0 | C | G | 99.7% | 798.0 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (163/169); minor base T (1/0); total (164/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
TTTCCACTGACAACGCGGGCATTGCCTACTTAATTTCCGGTATCGGTTTGGGGCGATTGATCAGTATTTTATTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGT‑GATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACAGTGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTAGCGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTG‑AGTTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCAC‑GCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTGTTAGTAGCGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCAGCAC > CP042583/1454590‑1455145 ||| tttccctgggcAACGCGGTCATTGCCTAATTAATTTCCTGTTTCGGGTTGGGGCGATTGATCAGTATTTTGTTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGT‑GATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCAt < 2:2388604/279‑1 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ttcGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGT‑GATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTG‑TCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATg < 1:345597/276‑1 (MQ=255) ttcGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGT‑GATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTG‑TCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAataata > 1:616316/1‑289 (MQ=255) ttcGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGT‑GATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACTCAGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTG‑TCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAataata > 2:1634982/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |