Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,455,111 | 6 bp→TCATCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,455,111 | 0 | A | T | 98.7% | 900.9 / ‑1.3 | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (176/198); minor base C (2/3); total (180/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,455,112 | 0 | G | C | 98.9% | 889.1 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/4); new base C (177/197); total (180/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,455,113 | 0 | T | A | 98.7% | 890.0 / ‑5.7 | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base A (177/197); total (180/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,455,114 | 0 | A | T | 98.7% | 893.1 / ‑2.4 | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); major base T (177/198); minor base C (2/3); total (180/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,455,115 | 0 | G | C | 98.7% | 875.4 / ‑4.7 | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/3); new base C (177/197); total (180/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,455,116 | 0 | C | G | 98.7% | 898.8 / 7.1 | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); major base G (177/196); minor base . (2/3); total (180/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
Only 100 of 383 total aligned reads displayed.
ATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTAGCGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGAGTTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTGT‑TAGTAGCGTACT‑GTTCGGTGTAGCCGCATTCAGCACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGAGTGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGCAGCTTGGTCTGTGTCTTTATTTTTGCCGCACTACTGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACTGGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCC > CP042583/1454841‑1455386 |||||| aTGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTGT‑TTCATCGGTACT‑GTTCGgtg < 1:1433292/289‑1 (MQ=255) 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ATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTAGCGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGAGTTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTGT‑TAGTAGCGTACT‑GTTCGGTGTAGCCGCATTCAGCACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGAGTGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGCAGCTTGGTCTGTGTCTTTATTTTTGCCGCACTACTGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACTGGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCC > CP042583/1454841‑1455386 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |