Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,455,803 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,455,803 | 0 | A | T | 99.2% | 905.6 / NA | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (185/194); minor base C (2/1); total (187/195) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,455,804 | 0 | G | C | 99.7% | 902.0 / ‑6.1 | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (185/195); minor base T (1/0); total (187/195) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,455,805 | 0 | C | G | 99.7% | 912.6 / NA | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (185/195); total (187/195) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 382 total aligned reads displayed.
TTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGAGCAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTAAGCCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTAAGCATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATT > CP042583/1455523‑1456084 ||| cTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGaa > 2:2556944/1‑289 (MQ=255) cTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGaa > 1:632352/1‑289 (MQ=255) atctgtcgaaCATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTCTTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCAGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACACTTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCCCCACAGTTTATCGACCGAATTGCAGAATAAAGCCTTAGaa > 2:1800078/9‑289 (MQ=255) atctgtcgaaCATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGaa > 1:1850473/9‑289 (MQ=255) 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cATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGAt < 2:971301/289‑1 (MQ=255) cGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGaaaa > 2:2678657/1‑278 (MQ=255) cTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCAtt < 2:1216603/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |