| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 485,258 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 485,258 | 0 | G | C | 99.4% | 808.1 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 485,259 | 0 | C | G | 99.4% | 798.3 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (170/167); minor base A (0/2); total (171/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 485,260 | 0 | T | A | 99.4% | 803.7 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (170/167); minor base G (0/2); total (171/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
ACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGCT‑GTTACGGGTGT‑GTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTGCTGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGT‑AACCTGCTTCCAGTTCCAGGCTTTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGG‑CTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTCCCAGGAGC > CP042583/484983‑485532 ||| gaAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGA‑GTTACGGGTGT‑GTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGT‑AACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGcgcg < 1:228818/289‑1 (MQ=255) 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gCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGG‑CTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTCCCAGGAg > 1:262007/1‑288 (MQ=255) cTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGG‑CTAAAGTTAGTGCGTTtggtgg < 2:1461551/240‑1 (MQ=255) gttccagCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCgg < 2:2446901/207‑1 (MQ=255) ||| ACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGCT‑GTTACGGGTGT‑GTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTGCTGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGT‑AACCTGCTTCCAGTTCCAGGCTTTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGG‑CTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTCCCAGGAGC > CP042583/484983‑485532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |