Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,455,938 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,455,938 | 0 | A | T | 99.4% | 792.7 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,455,939 | 0 | G | C | 100.0% | 797.9 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (164/170); total (164/170) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,455,940 | 0 | C | G | 99.7% | 795.8 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (163/170); minor base T (1/0); total (164/170) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
CTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTAAGCCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTAAGCATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCAGTACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAG > CP042583/1455658‑1456216 ||| gCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTgg < 2:772918/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |