Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,463,349 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,463,349 | 0 | A | T | 99.1% | 760.7 / ‑3.0 | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (158/158); minor base C (2/1); total (160/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,463,350 | 0 | G | C | 99.7% | 756.8 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (160/159); minor base A (0/1); total (160/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,463,351 | 0 | C | G | 99.7% | 759.7 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (158/160); total (160/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
GAACGTTATATCGGTGTCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGAGCGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTGGTCATGGCACGAGCCGGGCTGGATGTCCTGGTGATAGAACGCGGCGACAGTGCCGGATGTAAAAACATGACCGGCGGGCGTCTTTATGCCCACACACTTGAAGCAATCATTCCAGGCTTTGCAGTAAGTGCGCCGGTAGAACGCAAGGTCACACGCGAGAAAATCTCCTTCTTAACCGAAGAAAGCGCCGTTACCCTCGATTTTCACCGCGAGCAGCCA > CP042583/1463069‑1463630 ||| gAACTTTATATCGGTGTCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGAc < 1:438133/289‑1 (MQ=255) atatCGGTGTCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTg > 2:196077/1‑289 (MQ=255) tctgtgtCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCTATCCATACCTGACGGTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGGTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATAAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATg < 2:1488278/286‑1 (MQ=255) tgtCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCAt > 2:1525482/1‑289 (MQ=255) tgtCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCAt > 1:95368/1‑289 (MQ=255) tgtCTCCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCAt > 1:668907/1‑289 (MQ=255) tctcCGGCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATtg > 2:183459/1‑289 (MQ=255) 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ggCGTGTTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGt < 2:1559871/288‑1 (MQ=255) gtgtTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGt > 1:1040173/1‑289 (MQ=255) gtgtTGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGt > 1:896178/1‑289 (MQ=255) ttGCTGAAATCCGATCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCg > 1:2642846/1‑289 (MQ=255) ggacaTCCGATCGTTACCTGACGCTGAGGATCTCCGGGAAGATCCAGAATATGGTTGACGGCAACGGCGGAACAGTGATTGTCGCGATACATACAGATAAAAATGCGCAAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTGCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGGCGGTGCGGGCg < 2:2685274/285‑1 (MQ=255) aTCTCTACCTGACGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGt > 2:1084463/1‑269 (MQ=255) tctcTGCCTGACGCTGGGGGTCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGTCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAg < 1:2119805/289‑1 (MQ=255) cggACGATGGGGATCTCCGGGCAGGTCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATGGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCGTCACCTATGCCGAGTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGGCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTg < 2:1706285/285‑1 (MQ=255) cGCTGTGGGTCGCTGGGCAGATCCAGAGTATGGTGGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCTGCATCAAAAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCa < 2:1911977/288‑1 (MQ=255) cGCTGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGGGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCAc < 1:715181/289‑1 (MQ=255) tGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATTCCATTGTGGTTGGTGCGGGCGTTGTTGGTTGCGTTGCCGccatgg > 2:633616/1‑284 (MQ=255) tGGGGATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTgg > 1:763844/1‑289 (MQ=255) gggATCTCCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTTAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACCTCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGAAGACAAACTTGATGCCATTGGGGTCGGTGCGGCCGTTGCTGGTAGCGTTGCCGCACTgg > 2:698400/1‑287 (MQ=255) tcCGGGCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGAGCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACGCAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCATTGTGGTCGGTGCGGGCGtt < 1:2174105/259‑1 (MQ=255) ggCAGATCCAGCATATGGTTGGCGGCAACGGCGCAAAAGTGATTGTCGCCATCAATAAAGATAAAAATGCGCCAATCTTCAACTATGCCGACTACGGTCTGGTGGGCGATATCTACAAAGTCGTCCCTGCCCTGATTAGCCAGTTGATCCGCTAATTCCCCTTTCAACCACATCTCCCGCTGTAAACACAGCGGGAAGGGAGCATAACGCATGTCGGATGACAAATTTGATGCCGTTGTGGTCGGTCCGAGCGTTGCTGGTAGCGTTGCCCCTCTGTGCATGGCActa > 2:2075929/1‑286 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |