Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,473,570 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,473,570 | 0 | G | C | 99.7% | 778.9 / NA | 328 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (156/171); minor base A (0/1); total (156/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,473,571 | 0 | C | G | 99.7% | 775.1 / NA | 328 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (155/172); total (156/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,473,572 | 0 | T | A | 99.7% | 773.2 / NA | 328 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (155/171); total (156/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
GGCCACAGGCATCCCTGGAGAGCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCG‑TGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGGCTTAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCAACTTTTTAGTAATTCCAACTGCTCACTAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAA > CP042583/1473301‑1473850 ||| ccACAGGCATCCCTGGAGAGCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCG‑TGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACcgcg < 1:2283260/288‑1 (MQ=255) aGGCATCCCTGGAGAGCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCG‑TGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTa > 2:1930811/1‑288 (MQ=255) tCCCTGGAGAGCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCG‑TGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCttt > 1:702489/1‑288 (MQ=255) tCCCTGGAGAGCATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCG‑TGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCttt > 1:2176757/1‑288 (MQ=255) 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cATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCG‑TGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTgag > 2:378384/1‑289 (MQ=255) cATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCG‑TGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTgag > 1:939044/1‑289 (MQ=255) cATGGAAATCGAAGGGGGTAATCTGTGCCAATATTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCG‑TGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTgag > 1:250564/1‑289 (MQ=255) 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atatTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCG‑TGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTa < 1:1271742/278‑1 (MQ=255) tatTTCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCG‑TGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCa > 1:1503115/1‑289 (MQ=255) tCTGCCGTATCAATGCCTCCCGCAATGATGCAATTGCAACAAGGGGAAATTTGCGCCTGGATCGCACGAATAAACGGTTCGAAGGAGCGGTGCG‑TGATTTGTTGCTGAATAAAACTTTTATCCAGCATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCAt < 2:1368885/250‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |