Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,491,391 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,491,391 | 0 | A | T | 99.8% | 951.9 / NA | 397 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,491,392 | 0 | G | C | 99.0% | 952.4 / NA | 397 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (202/191); minor base A (0/4); total (202/195) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.73e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,491,393 | 0 | T | A | 99.5% | 959.0 / NA | 397 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (202/193); minor base C (0/2); total (202/195) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 397 total aligned reads displayed.
AATGCAGGTATAAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGAGTACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACAGTGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTAGTCTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTGCGCGAAGCCGTTGCGTTATGCAAAGAACAAGGTTTATTGGTGGGACTGG > CP042583/1491111‑1491670 ||| gTATAAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATggg > 2:2287505/1‑289 (MQ=255) 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aaGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACg < 2:972073/289‑1 (MQ=255) aaGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACg < 2:432019/289‑1 (MQ=255) aGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGc > 2:2183963/1‑289 (MQ=255) 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AATGCAGGTATAAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGAGTACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACAGTGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTAGTCTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTGCGCGAAGCCGTTGCGTTATGCAAAGAACAAGGTTTATTGGTGGGACTGG > CP042583/1491111‑1491670 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |