Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,492,315 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,492,315 | 0 | A | T | 99.7% | 932.3 / NA | 391 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (223/167); minor base T (1/0); total (224/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,492,317 | 0 | C | G | 99.7% | 928.2 / NA | 391 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (224/166); minor base T (0/1); total (224/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 391 total aligned reads displayed.
TGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACGGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTGCCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGAGCTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATAAGTAAACCGATCGCCCGCGCTTTTGGGCATCGTGGTTTTACCCACAGTCTGCTGGCGGTATTTGCGCTGCTGGCAACCTTTTACCTTAAGGTTCCGGAAGGCTGGTTCATTCCGGCTGATGCGCTACAAGGAATGGTGCTGGGTTATTTGAGCCACATACTTGCCGATATGCTGACACCCGCCGGTGTTCCCCTGCTCTGGCCATGCCGCTGGCGTTTCCGCTTGCCTATCCTGGTTCCCCAAAAGGGCAA > CP042583/1492040‑1492595 ||| aCGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTGAGTTTTATCATGACAGCGGAAGGTCACCTTCTCTTTTCTATTGCTTGTGCGGTATTTGCCAAAAATGCCGAGCTGACGCCCGTGCTGGCACAGGGTGACTGGTGGCATATTGTCCCTTCCGCAATCCTGACGTGTTTGTTACCGGACATCGATCACCCAAAGTCGTTTCTTGGGCAGCGATTAAAATGGATatc > 1:1494065/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |