| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,497,792 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,497,792 | 0 | A | T | 98.7% | 870.2 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,497,793 | 0 | G | C | 100.0% | 882.1 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (183/188); total (183/188) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,497,794 | 0 | C | G | 99.7% | 881.9 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (182/187); total (183/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
CTGACTGACGACCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGAAGC‑GCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCG‑CTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTAGCCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTGCGCTGGCGGGTGACGCGCGCAAGTTTAAAGCAACAATCAAGATCGCTGACCAGGGTGAAGAAGGGATTGTGGAAGCTGACAGCGCTGACGGTAGTTTTATGGATGAACTGCTAACGCTGATGGCAGCACACCGCGTGTGGAGTCGCATTCCTAAGATTGACAAAATTCC > CP042583/1497513‑1498072 ||| tgactgacGACCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCG‑GCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCG‑CTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGt < 1:2418288/289‑1 (MQ=255) tgacggacGACCAACTGACTATCCCCCCACCTCCGGACGTCAGCGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCG‑GCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCG‑CTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGt < 1:1001373/289‑1 (MQ=255) cgacCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCG‑GCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCG‑CTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCg > 1:2535443/1‑289 (MQ=255) tatCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCG‑GCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCG‑CTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCt < 1:1683705/289‑1 (MQ=255) ccccACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCG‑GCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCG‑CTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCgg < 1:153403/289‑1 (MQ=255) ccccACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCG‑GCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCG‑CTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCg > 1:544307/1‑288 (MQ=255) caaCCTCCGGACGTCAACGGTCGGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTGTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCG‑GCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCG‑CTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCa < 1:1177074/287‑1 (MQ=255) cACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCTATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTAATGAGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCG‑GCAGACCTTCTGGCCATTCACAAGGCG‑CTGCAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATCGGTGAAGCGACGGCGGATGACGGTACGGTCTTGCCTATAGCCGCGACCTTTGCCGGTGCACCTTCCCCGACGGTCGATGAGGTCATTGTCCCTTCCGGCaa > 2:1651617/1‑289 (MQ=255) ccTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCG‑GCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCG‑CTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAata > 2:1821534/1‑289 (MQ=255) gACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCG‑GCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCG‑CTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCACCTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCgg > 2:1225059/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |