Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,504,040 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,504,040 | 0 | G | C | 99.8% | 971.1 / NA | 403 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,504,041 | 0 | C | G | 100.0% | 968.4 / NA | 403 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (211/192); total (211/192) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,504,042 | 0 | T | A | 100.0% | 968.8 / NA | 403 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (211/192); total (211/192) |
Only 100 of 403 total aligned reads displayed.
CTCTTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGAGCTAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTCATATTCCGTCCTCTTGTTTATCAGCGTGTTAGATAAGCCTGGAATACATTGGGCGCTTTTTCAAGCCCGTGAACGAAACGGCTCCGCTTTCAGAGGATTCCTGTATGACGTTTTAA > CP042583/1503760‑1504321 ||| ctctTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGttt > 1:2087346/1‑289 (MQ=255) ctTCACATTTCGGGCAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTa > 2:1903480/1‑288 (MQ=255) cAAATAATTCGCGAAGATAATTAAGAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGc < 2:2004585/288‑1 (MQ=255) cgcgAAGATAATTAAAAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGcc < 2:2527218/289‑1 (MQ=255) gAAGATAATTAAGAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCg > 1:895340/1‑288 (MQ=255) aTTAAGAACTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAAGGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGc < 1:1484416/289‑1 (MQ=255) cTCAGGCCAAAAAAAACCGGCGCAATGGCCGGTTTCCGTTGTTACTCAAGCTTTCAGACGAATTGATTACTTCGCAGCCTGTGGATCAGTGTCGTATTCAGCACAGGTCTGATAACCGGAGTTGATGACATGTCCGGTATCATCTAACGCGACAAAGTAGGTTTCTGCTTTACCATCACGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTg < 2:935240/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |