Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,506,213 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,506,213 | 0 | A | T | 100.0% | 591.2 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,506,214 | 0 | G | C | 99.2% | 571.6 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (134/111); total (135/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,506,215 | 0 | C | G | 99.2% | 579.8 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (134/112); total (135/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
AGACCATCGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTAGTGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATAGCCTGGAAGAAGCGACAACGTTAATTCGGACACCCGCCGGGTTTGATCACGACGGTTATAAAATTCTTTGTAAGCCGCTGCTTTCCGGTAACTATGAAATTACTGAACTTGATCCGGCGAATGACCAGCGAGCCAGTTGATTACTGAACTTGATCCGGGCTATGACCAGCGAGCCAGTTGATTTCACTGAACAACAGTTTACCTTGCGGTTGTAAAAGCCGCAGGGTGTGCCTGCCATCGAACCAGCACGCGCCCTGGTCGGTAGTGAGCAATTTATCGCCC > CP042583/1505935‑1506495 ||| aGACCATCGCTGATGAACAAAAACTTTGTTATGGCCTGCTGGGACTGGAACCGTTAAGTCGCGGTCGTGCATGTTTTCGTTCAGCGCTAAAACGTTGCGCCGGAGCATGCTGCGGTAAAGAGAGCCATGAGGAACATGCGCTACGCTTGCGCCAGTCTCTGGAGCGTTTGCGGGTGGTGTGTTGGCCTTGGCAAGGGGCGGTGGCGCTGAAAGAACAGCACCCGGAAATGACTCAATATCATATTATTCAAAACTGGCTGTGGCTGGGGGCGGTTAATTCGCTGgaag < 2:1942588/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |