Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 489,830 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 489,830 | 0 | A | T | 99.4% | 759.5 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (126/192); minor base G (0/2); total (127/194) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 489,831 | 0 | G | C | 99.4% | 751.0 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (126/193); total (127/194) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 489,832 | 0 | C | G | 99.1% | 744.5 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (123/194); total (127/194) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
AAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCAGCGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGAGCATGCTGGCGGCATTTGTTGCCAGCCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAATGGCAACAGTTAACTGGCGCGCCGTTGCATAATCTATATGGCCCGACGGAAGCGGCGGTAGATGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCG > CP042583/489554‑490108 ||| tAATGGTCGGGTAGACGGCTATCGTCACCCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTAGCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACAACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCg < 1:909579/288‑1 (MQ=255) tAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGCATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTTCCTCGCTGACGCCGCAAcccc > 2:534754/1‑287 (MQ=255) tAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCg < 2:1563401/288‑1 (MQ=255) tAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCCTCGATCGTGGCGGCATTTCTTGCCTCGCCGACGCCCCCAAcct > 2:129229/1‑287 (MQ=255) 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aTCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGt < 2:723619/289‑1 (MQ=255) caacccgttGCTTTTGCTGCAAAATCTTTATCCGCTTACGGGCGACGAGGCGGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGaaa < 2:2689036/281‑1 (MQ=255) cAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGaaa < 2:1800185/289‑1 (MQ=255) 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ccTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTTTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGGTGCCGGCTGCATTTTTTGCCTCTCTGAGGCCGCAAACCGCTCGTCACAGTTTCGAGGCGTTTGACCAGGtt > 2:659172/1‑289 (MQ=255) ccTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAAc > 2:1732226/1‑284 (MQ=255) tGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGtttt < 1:571926/289‑1 (MQ=255) tGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAgtgg < 1:2505983/289‑1 (MQ=255) aaaaTCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTgcgc > 1:2518804/1‑259 (MQ=255) aaTCATTATCCGCTTACAGGCGAGGTTGGCGTTGCCCACAAAAGGCGGTGAGGTTTTGATGTCGCGGTGTGGGAGTTTTTCTGTCCGTTTGTCGCATGGGCAAAACGGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCGATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAgg < 2:1602959/289‑1 (MQ=255) 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cTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTTGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTg > 2:1984743/1‑289 (MQ=255) cTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCTATGCTGGCGGCATTTTTTGCCTCGCTGACGCCTCAAACCGCCCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACCGGGTTTCTGTCGTGGTGAGGcggtctcttct > 2:2657238/1‑278 (MQ=255) cTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTg > 1:810659/1‑289 (MQ=255) aaGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGcc > 1:1428645/1‑288 (MQ=255) aaGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGGGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCCAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCCGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGCCCACGCCCTTTGTCCCGTCGCTGCTGGCGGCCTTTCTTGCCCCGCTCACGCCGCCAACCGCCCGCCAGAGTCTCGCGCCCGTGACACACGCGTTCCGTAGCTGTGGGCCCTTCCCGCCTGATTTCTgtc > 2:2610088/1‑286 (MQ=255) cGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCTCGGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGTCGATGCTGGCGGCATTTGTTGCCTCGCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAATgg < 1:1517278/289‑1 (MQ=255) 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AAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGTTTTGATGTCAGCGTGTGGGAGTTTTTCTGGCCGTTTATCGCAGGGGCAAAACTGGTGATGGCTGAACCGGAAGCGCACCGCGACCCGCTCGCTATGCAGCAATTCTTTGCCGAATATGGCGTAACGACCACGCACTTTGTGCCGAGCATGCTGGCGGCATTTGTTGCCAGCCTGACGCCGCAAACCGCTCGCCAGAGTTGCGCGACGTTGAAACAGGTTTTCTGTAGTGGTGAGGCCTTACCGGCTGATTTATGCCGCGAATGGCAACAGTTAACTGGCGCGCCGTTGCATAATCTATATGGCCCGACGGAAGCGGCGGTAGATGTCAGCTGGTATCCGGCTTTTGGCGAGGAACTGGCACAGGTGCGCGGCAGCAGTGTGCCGATTGGTTATCCGGTATGGAATACGGGTCTGCGTATTCTTGATGCGATGATGCATCCGGTGCCG > CP042583/489554‑490108 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |