| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 490,454 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 490,454 | 0 | A | T | 99.1% | 538.7 / ‑4.8 | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (101/126); minor base C (1/1); total (103/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 490,455 | 0 | G | C | 98.7% | 526.1 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (98/127); total (103/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 490,456 | 0 | C | G | 99.1% | 535.9 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (102/127); total (103/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CAGCCGCTTTATTGCCGATCCTTTTGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGAGCCAAAGCGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGC‑TTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTTGCCTGAACTGAAGGCACAAGCGCCAGGGCGTGCGCCGAAAGCGGGCAGTGAAACGATTATCGCCGCGGCATT‑C‑AGCAGCTTGCTGGGGTGTGACGTGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGCG > CP042583/490186‑490733 ||| tGCCCCGGGTGACGGGAGGTGCCGTCCCGGGGACGTTGCCCGATGGCTGGATAACGGGGCGGTGGGGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATGGGGTGATGCAGGCGCGGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAg < 2:2269498/289‑1 (MQ=255) tGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCa > 1:30973/1‑288 (MQ=255) tGCCCCAGGTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAg < 1:55594/289‑1 (MQ=255) ggTGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGC‑TTCGTg > 1:1157915/1‑289 (MQ=255) tGAACGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGC‑TTCGTGa < 1:1617993/288‑1 (MQ=255) aaCGGATGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCCGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTTGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGGGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGACACCAGCGCATTGCAGGCGCCGC‑TTCGTGATAc > 2:1839287/1‑289 (MQ=255) ttgaccgtaccgGGGACCTTGCCCGCGGGCTGGATAACGGCGGGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGC‑TTCGTGAAACATTGc < 2:1157915/285‑1 (MQ=255) tGTACCGTACCGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGC‑TTCGTGAAACATTGc < 1:2277555/288‑1 (MQ=255) gtaccggaccGGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGC‑TTCGTGAAACATTGcca < 1:1757467/289‑1 (MQ=255) taccgtaccgGAGACGTGGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGGGGGGTACCTCGGGCGCAGTGAGGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGC‑TTCGTGAAACATTGcca < 2:90822/288‑1 (MQ=255) cccggagcgGAGACGTTGGCCGGTGGCTGGAAAACGGGGCGGGGGAGTACCTCGGGCGAAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGAGGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGTAGC‑TTCGTGAAACATTGccacc < 1:1250856/282‑1 (MQ=255) ccgtaccgGAGCCGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGGTGAGGACCTCGGGCACAGTGATGATCAGCTAAAAATGCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCCCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCTCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGC‑TTCGTGAAACATTGccacc < 2:2079302/288‑1 (MQ=255) ccgtaccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGGGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGC‑TTCGTGAAACATTGccacc < 2:2376246/288‑1 (MQ=255) gtaccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATGGGTGGGCTATCTGGGGTAGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCCGCGCACTGCAGGC‑CATCGTACGAGAAACACTGCcaccac > 2:1328262/1‑288 (MQ=255) taccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGG‑CCTGCCGTTGGATACCAGCCAATTGCAGGCGCAGC‑TTCCGTAAAGCTTGCCCCCACat > 2:1473816/1‑289 (MQ=255) taccgGAGACGTTGCCCGCTGGCTGGATAACGGCGCGGTGGAGTACCTCGGGCGCAGTGATGATCAGCTAAAAATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCCGGTGGCGCAACCGGG‑CCTGCCGTTTGATACCAGCCCATTCCCGGCCCACC‑CTCGTGCAACATTTCCCCcacaa > 2:2697282/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |