Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,516,758 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,516,758 | 0 | A | T | 100.0% | 768.3 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,516,759 | 0 | G | C | 100.0% | 762.8 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (151/167); total (151/167) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,516,760 | 0 | T | A | 99.7% | 767.0 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (151/166); minor base C (0/1); total (151/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
GGATAATAAAGAAACGACTCATGTCACAGGCAGCAAACTGGATATTAGCGTCAACTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCGGCATCGTCAGCAATGCAACATACACTTATGGTGCGGTTGAAAAACGTGGTGAAGTTAAATTCAAAGGCAATGCCAGTGTTCTCCCGGCGGATAACACGCTGGCAACGGTTACCTTTAAAATCGCCGAATAAAGCCAGGATAAAGGATGATGATGATGCAAAGCCGAAAAATCTGGTACTACCGTATAACCCTCATCATCCTGTTGTTCGCTATGCTGCTGGCATGGGCGCTGCTTCCCGGCGTCCATGAGTTTATCAATCGCAGCGTTGCGGCGTTTGCCGCCGTGGACCAACAGGGTATAGAACGCTTTATTCAGTCTTACGGCGCACTGGCGGCAGTTGTC > CP042583/1516481‑1517026 ||| ggATAATAAAGAAACGACTCATGTCACAGGCAGCAAACTGGATATTTCGGTCAACTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCGGCATCGTCAGCAATGCAACATACACTTATGGTGCGGTTGAAAAACGTGGTGAAGTTAAATTCAAAGGCAATGCCTCAGTTCTCCcg < 2:419685/289‑1 (MQ=255) 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aaaCGACTCATGTCACAGGCAGCAAACTGGATATTTCGGTCAACTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCGGCATCGTCAGCAATGCAACATACACTTATGGTGCGGTTGAAAAACGTGGTGAAGTTAAATTCAAAGGCAATGCCTCAGTTCTCCCGGCGGATAacac > 2:1682493/1‑289 (MQ=255) aCTCATGTCACAGGCAGCAAACTGGATATTTCGGTCAACTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCGGCATCGTCAGCAATGCAACATACACTTATGGTGCGGTTGAAAAACGTGGTGAAGTTAAATTCAAAGGCAATGCCTCAGTTCTCCCGGCGGATAACACGCTg < 2:2654045/288‑1 (MQ=255) cacaGGCAGCAAACTGGATATTTCGGTCAACTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCGGCATCGTCAGCAATGCAACATACACTTATGGTGCGGTTGAAAAACGTGGTGAAGTTAAATTCAAAGGCAATGCCTCAGTTCTCCCGGCGGATAACACGCTGGCAACGGtt < 1:1308011/289‑1 (MQ=255) agcaAACTGGATATTTCGGTCAACTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCGGCATCGTCAGCAATGCAACATACACTTATGGTGCGGTTGAAAAACGTGGTGAAGTTAAATTCAAAGGCAATGCCTCAGTTCTCCCGGCGGATAACACGCTGGCAACGGTTACCTTTa > 1:2636558/1‑289 (MQ=255) gcaAACTGGATATTTCGGTCAACTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCGGCATCGTCAGCAATGCAACATACACTTATGGTGCGGTTGAAAAACGTGGTGAAGTTAAATTCAAAGGCAATGCCTCAGTTCTCCCGGCGGATAACACGCTGGCAACGGTTACCTTTaa > 2:1347155/1‑289 (MQ=255) caAACTGGATATTTCGGTCAACTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCGGCATCGTCAGCAATGCAACATACACTTATGGTGCGGTTGAAAAACGTGGTGAAGTTAAATTCAAAGGCAATGCCTCAGTTCTCCCGGCGGATAACACGCTGGCAACGGTTACCTTTaaa > 1:202420/1‑289 (MQ=255) 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atttcggTCAACTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCGGCATCGTCAGCAATGCAACATACACTTATGGTGCGGTTGAAAAACGTGGTGAAGTTAAATTCAAAGGCAATGCCTCAGTTCTCCCGGCGGATAACACGCTGGCAACGGTTACCTTTAAAATCGCCGAAt < 2:2259173/283‑1 (MQ=255) atttcggTCAACTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCGGCATCGTCAGCAATGCAACATACACTTATGGTGCGGTTGAAAAACGTGGTGAAGTTAAATTCAAAGGCAATGCCTCAGTTCTCCCGGCGGATAACACGCTGGCAACGGTTACCTTTAAAATCGCCGAAt < 1:1028833/283‑1 (MQ=255) tcggTCAACTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCGGCATCGTCAGCAATGCAACATACACTTATGGTGCGGTTGAAAAACGTGGTGAAGTTAAATTCAAAGGCAATGCCTCAGTTCTCCCGGCGGATAACACGCTGGCAACGGTTACCTTTAAAATCGCCGAATaaa > 2:2194405/4‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |