Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,517,668 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,517,668 | 0 | A | T | 99.0% | 679.4 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (147/139); minor base G (2/1); total (151/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,517,669 | 0 | G | C | 98.6% | 654.2 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base C (148/137); total (151/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,517,670 | 0 | C | G | 99.7% | 673.0 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (149/140); total (151/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
GCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGAGCATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCAGTCCGCTCGATCCGGTAGTACGAAGCCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCGAC > CP042583/1517390‑1517947 ||| gCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCTAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTCGTGGGGGGGGTCCCCTGTTT‑TCTTTTTTTCGGTGTCGAtgtttgt > 2:214737/1‑289 (MQ=255) tCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCAC‑GGCGTGGCTGCATCGCCGCCATTACGGCGAGGTGTTAATCCCCCTTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGCTTACTCGTTT‑TTTGGTTTGGTTGTTTGTTTgttggctgtggcg > 2:2530391/1‑283 (MQ=255) ggcgggcAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTCCGGCCAGGTTCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGTCGGAACCCCTCTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTTTTGGGTGGTTGGGGCGC‑AAAc > 2:2080917/1‑289 (MQ=255) cgggcAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCCGGTGGGGGCGGATCCCGTTTC‑TCTTTTATCTGGGGTCGATGTTTGTTGGCTGGTCTGTGCGC‑aaatg > 2:1671602/1‑286 (MQ=255) gcagcaTGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATTGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGCGGCC‑AAACGctc > 2:1950399/1‑286 (MQ=255) gcagcaTGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCGCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGACGATGTGTGTTGGCTGGCTGGTGCGT‑AAACGctc > 2:333602/1‑286 (MQ=255) gcagcaTGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCAAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGctc > 1:1863563/1‑286 (MQ=255) 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aaCAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGTCTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGTTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATc < 1:884675/289‑1 (MQ=255) aaCAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATc < 1:2275222/289‑1 (MQ=255) ggCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGgt > 1:1493944/1‑289 (MQ=255) 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ttGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAAtgtg > 1:1982180/1‑288 (MQ=255) gCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAAtgtg > 1:1778450/1‑286 (MQ=255) ccTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGTTGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCtgt > 1:484008/1‑289 (MQ=255) 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gATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTGGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTtgtg < 2:2186764/289‑1 (MQ=255) tttttATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGctcaccgct < 2:90432/222‑9 (MQ=255) tttttATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCTCATTGCGCAAATTTGCCCGTGTGCGTTTtgtgtt > 2:2502552/1‑288 (MQ=255) 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gTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCt > 1:1236574/1‑288 (MQ=255) ttta‑tcttttatctGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAActg < 2:2360017/177‑1 (MQ=255) ttatctGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTAc > 1:1599503/1‑286 (MQ=255) ||| GCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGAGCATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCAGTCCGCTCGATCCGGTAGTACGAAGCCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCGAC > CP042583/1517390‑1517947 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |