Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,517,701 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,517,701 | 0 | A | T | 99.2% | 610.4 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (133/127); minor base G (2/0); total (136/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,517,702 | 0 | G | C | 99.2% | 612.1 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (136/126); total (136/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,517,703 | 0 | T | A | 98.5% | 619.0 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (133/127); minor base C (3/1); total (136/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGAGCATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCAGTCCGCTCGATCCGGTAGTACGAAGCCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCGACTGGCTGCGCATTTTGACGCTCAGGCGCTCACCGA > CP042583/1517422‑1517981 ||| gTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCg < 1:2701314/289‑1 (MQ=255) tAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGAt < 1:1671602/289‑1 (MQ=255) aaCAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATc < 1:2275222/289‑1 (MQ=255) aaCAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCACCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATc < 1:2111170/289‑1 (MQ=255) cGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTTGTGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGTGGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGTGC‑AAACGTTCCCCGCTGGATCCGgtag > 2:1917426/1‑289 (MQ=255) gTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTTCCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGCGTCGCTGTTTGTTGGGTGGCTTGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGgtctg > 2:251860/1‑285 (MQ=255) gTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGGTTATCTTTTATCTGGTGGTGTTGTTTGTTGGCTGGCGGGGGCCC‑ACACGCGCACCGCTCGATCCGgtagt > 2:643488/1‑288 (MQ=255) 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tttATTGTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTgc < 2:2681882/289‑1 (MQ=255) gTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAAtgt > 1:1747748/1‑289 (MQ=255) ttGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTCAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGGTCATCTTTTATCTGGTGTCGCTTTTTGTTGGCTGGCTGTAGCGC‑AACCGCTCCCCGCTCGATCGCGTAGTTCGATCGCTTGTCAGCTCGCGCTTGTCGCaaactct > 2:2242833/1‑284 (MQ=255) 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gc‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTAGGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATGGCGCAAATGTGCCGGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCGACTGGCTGCGCATTTTGACGCTCAGGCGCTCACCGa < 1:204730/289‑1 (MQ=255) ||| GTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGAGCATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCAGTCCGCTCGATCCGGTAGTACGAAGCCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCGACTGGCTGCGCATTTTGACGCTCAGGCGCTCACCGA > CP042583/1517422‑1517981 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |