Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,520,478 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,520,478 | 0 | A | T | 99.7% | 815.1 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,520,479 | 0 | G | C | 99.4% | 802.2 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (163/176); total (164/178) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,520,480 | 0 | C | G | 99.1% | 807.2 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (161/178); total (164/178) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
CTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATAGTCGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGAGCCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGG > CP042583/1520199‑1520758 ||| gtggCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCgaaa > 1:2218674/1‑289 (MQ=255) gtggCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCaaaa > 1:2376519/1‑289 (MQ=255) gtggCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCaaaa > 2:71787/1‑289 (MQ=255) cGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTg < 2:189972/289‑1 (MQ=255) 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gCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATGGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAATACTGGGCGGGTCCGCGGCCAAAATCTTCTGTTTCGTGGAATGCCCTCTCATGGTtcgc > 2:844722/1‑286 (MQ=255) tGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCtg < 1:1489729/288‑1 (MQ=255) ggAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCtgt > 1:2029771/1‑288 (MQ=255) 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taCCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGcc < 1:1000658/289‑1 (MQ=255) taCCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGcc < 2:785760/289‑1 (MQ=255) aCCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGGGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCa > 1:1678659/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |