| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,524,069 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,524,069 | 0 | A | T | 99.6% | 644.7 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (152/118); total (153/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,524,070 | 0 | C | G | 99.3% | 634.3 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (152/117); minor base T (1/1); total (153/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,524,071 | 0 | T | A | 98.5% | 631.6 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (151/115); minor base C (2/2); total (153/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CATGAACATCAGGCGCTGGTCTGGTGCAGTCCTGAAGAGGCGCTGCAATATCCGCTGGCCCCTGCTGACATTCCATTATTAGAGGCGTTTATGGCTTTACGCGCCGCCAGACCAGCGGATTAATTATGGCTTTACGCGCCGCCAGACCAGCGGATTAGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCACTCTGCCCGCCACTACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAATGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTATTAATTTGCTTTCCTGGGTCATTTTTTTCTTGCTTACCGTCACATTCTTGATGGT > CP042583/1523796‑1524350 ||| ggcacgtacccgacttccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtgtggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGGTCTTAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCATTCGGCTTTAATTACCGCTCCTTCAGAATAATTTTGATGCGGATAAACGCAGCGATGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGcccgcctgaa > 2:1232994‑M2/158‑285 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |