Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 491,000 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 491,000 | 0 | A | T | 99.6% | 590.4 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 491,001 | 0 | G | C | 98.8% | 577.9 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (118/126); total (118/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 491,002 | 0 | C | G | 99.6% | 583.1 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (118/128); total (118/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
CTTCGCGCTTGGCGGTCATAGCCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGG‑CAAGTGATGGTCGCGAGTACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGTTTTGTTTCCATCCTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGTGCTCAGCCGTTATCTCGATCCACAATGGAGCATTATCGGCATTCAGAGTCCGCGCCCCAATGGCCCCATGCAGACGGCGGCAAACCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATGGCCCTTATTACCTGCTGGGGTATTCCCTTGGCGGTACGCTGGCGCAGGGTATTGCGGCGCGACTGCGTGCCCGTGGCGAACAGGTGGCATTTCTTGGCTTGCTGGATACCTGGCCGCCAGAAACGCAAAACTGGCAGGAAAAAGAAGCTAATGGTCTGGACCCGGAAGT > CP042583/490720‑491280 ||| cttcGCGCTTGGCGGTCATTCGCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGG‑CAAGTGATGGTCGCGTCAACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGTTTTGTTTCCATCCTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGTGCTCTCGCGTTATCTCGATCCACAATGGTCGATTATc < 1:1933667/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |