| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,532,384 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,532,384 | 0 | A | T | 99.7% | 857.4 / NA | 360 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (180/178); minor base G (0/1); total (180/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,532,385 | 0 | G | C | 99.2% | 842.8 / NA | 360 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); major base C (178/177); minor base A (2/1); total (180/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,532,386 | 0 | C | G | 99.7% | 861.8 / NA | 360 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (180/179); total (180/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 360 total aligned reads displayed.
TGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGG‑ATAGCATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCAGTACTAGTCCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCATAGCACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGACCG‑GTCAGGATGCAAAAGCTAACGGGCTGGTCGATAGTCTCGGGGATTTCGATGATGCGGTCGCCAAAGCAGCAGAGCTGGCAAAAGTGAAACAGTGGCATCTGGAATATTACGTTGATGAACCGACCTTCTTCGACAAAGTGATGGACAACATGTCTGGTTCTGTCCGGGCAATGTTGCCAGATGCGTTCCAGGCCATGTTACCTGCACCGCTGGCCAGCGTAGCCTCTACCGT > CP042583/1532109‑1532664 ||| tggcggcatCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGG‑ATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCATTCGACGCCGGAGCa > 1:1271427/1‑289 (MQ=255) 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tcaTTACCTTTTGGCTAACCCCAGCACCATGACCGGTTCTATCGGGATCTGCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGG‑ATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCATTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGACCg < 2:2663555/285‑1 (MQ=255) tAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGG‑ATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGCGCGTCATTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCCACGTCTGGACCG‑Gt < 1:619521/289‑1 (MQ=255) taccgtgtgGCTAGCCCCATCACCCTTGTCGTTTCTCTCGGTATCTTCGGCGTAATCGCCACCGTAGAAACTAGTCTGGAATAG‑ATTGGTTTTCCTACTGCTGGTGTCGCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCTCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACTCTGGTTGCTGATGCGGGTCATTCGACGCCGGAGCAGATTGATAAAATTGCCCAGGGCGACGTCTGGACCG‑GTCAgg < 2:1708637/284‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |