Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,534,066 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,534,066 | 0 | A | T | 99.7% | 907.5 / NA | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (174/206); minor base C (1/0); total (176/206) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,534,067 | 0 | G | C | 99.5% | 896.1 / NA | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (174/206); total (176/206) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,534,068 | 0 | C | G | 99.2% | 897.4 / NA | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (173/206); total (176/206) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.69e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 382 total aligned reads displayed.
ATGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATGACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGAGCCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACTCGACGGTTTGCCACAAACCTTCTGGCCAGATCACTGTGTGCAGAACAGTGAAGGCGCACAATTACATCCGTTACTGCACCAAAAAGCGATCGCAGCGGTGTTCCATAAAGGCGAAAATCCTTTAGTTGACAGTTACAGTGCCTTTTTTGATAACGGCCGTCGGCAGAAAACCTCTCTCGA > CP042583/1533787‑1534346 ||| cGTAATTGGCGGTGCAGATATGACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGt > 2:2466807/1‑289 (MQ=255) ttGGCGGTGCAGATATGACTGTAGAAGCCAGGCTAACCAACCGGCATTGCCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCGTTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGCCTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCg < 2:2736706/289‑1 (MQ=255) ttGGCGGACCAGATAGGACTGTAGAGGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCGGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCg < 2:31146/289‑1 (MQ=255) gCAGATATGACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCa < 1:2723199/288‑1 (MQ=255) 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aGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCgg < 2:2659377/288‑1 (MQ=255) aGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGc > 1:890402/1‑289 (MQ=255) aGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCGGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCg < 2:1961006/287‑1 (MQ=255) aCGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCAc > 1:682475/1‑289 (MQ=255) aCGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCAc > 2:1228344/1‑289 (MQ=255) aCGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCCCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCACGACTGGCACCCgcagaacccc > 2:77916/1‑280 (MQ=255) 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ccTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCa < 1:173741/289‑1 (MQ=255) ccTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCa < 1:1660281/289‑1 (MQ=255) ccTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCa < 2:406201/289‑1 (MQ=255) 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aGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTa < 1:1473280/289‑1 (MQ=255) cAGGAACTGGATACGAAAACCATTGGCAAGGACAGGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTTACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTAC‑GGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGATGGTGGCGCGCTCGCCGGGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGGCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTagag < 2:1735606/288‑1 (MQ=255) gATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATGCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATAc > 1:1158399/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |