| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,535,208 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,535,208 | 0 | G | C | 99.5% | 943.3 / NA | 400 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (212/184); total (213/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,535,209 | 0 | C | G | 99.8% | 950.7 / NA | 400 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (213/186); minor base T (0/1); total (213/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,535,210 | 0 | T | A | 99.8% | 954.6 / NA | 400 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (213/185); minor base G (0/1); total (213/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 400 total aligned reads displayed.
AAACATACATGTATAAAAAGAAGATCATCACCAGTCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATACTATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATACTTTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGGCTAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATAGCTAGTAAGCGGGGGTAAACGAATACTCTTCTCTCTTTCAATTTGCTGCTCTACTTCACGAAGTTGGCATTCTGCACCTGCGATTTGCCCTTTCCCTGCCAGCCATCGTGGGCTCTCGATAAAGTATTTACCACTGAGAAACCAGGCTAACAGTATGCCAATA > CP042583/1534934‑1535487 ||| taAAAAGAAGATCATCACCAGTCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTa > 1:359849/1‑289 (MQ=255) 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tgaattgaataGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTAcg > 1:1607880/9‑254 (MQ=255) tgaattgaataGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGa > 1:9725/9‑286 (MQ=255) gaattgaataGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGt > 1:2060366/8‑289 (MQ=255) 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