| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,536,458 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,536,458 | 0 | A | T | 99.7% | 725.5 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (154/150); minor base C (1/0); total (156/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,536,459 | 0 | C | G | 99.0% | 721.0 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (155/147); minor base T (1/2); total (156/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,536,460 | 0 | T | A | 100.0% | 737.8 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (156/150); total (156/150) | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
TGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGACTTTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGACTAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTACTAACGACTTTAATTTCACTCTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCGCTGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAAGCTACTAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTA > CP042583/1536181‑1536738 ||| tGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAACCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTAtt > 2:524876/1‑289 (MQ=255) 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tGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGttgaa > 1:1145629/1‑265 (MQ=255) attaatATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTctgac < 1:1273453/283‑5 (MQ=255) attaatATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGcc < 2:1556455/289‑1 (MQ=255) 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atGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACa > 1:723081/1‑289 (MQ=255) gACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCa < 2:2653890/248‑1 (MQ=255) tAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGaa > 1:1920757/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |