Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 491,881 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 491,881 | 0 | A | T | 100.0% | 543.0 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 491,882 | 0 | G | C | 99.6% | 537.3 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (129/96); minor base A (1/0); total (130/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 491,883 | 0 | C | G | 99.6% | 531.9 / ‑7.3 | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (130/95); minor base T (0/1); total (130/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
GTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGAGTAGTCTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGAGCCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCAGTGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCAAGAGTTGGAGAAAAGTTTCACTAAGCTTCGTGTGCTGGATCTGGATATCAAAATTGATCGTACAGAAGCATTTAACCTGTTTATCAAGAAGTTTCAG > CP042583/491602‑492156 ||| gTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGTCGCCCAGta > 2:1345828/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |