| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,539,972 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,539,972 | 0 | A | T | 99.4% | 805.4 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (163/171); minor base T (1/2); total (164/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,539,974 | 0 | T | A | 99.7% | 807.1 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (163/173); total (164/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
ATAACCGGGGATTTCGCTTCTTCGGCTGCGTCGATAACGCCCATCAACATTTCTGCATTCCATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACACTCTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATGCTTTTCACATCGAATCGCCCACTAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCGCTATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGTCTTCGGTAAATTGCTGACAGCGTGCAATAGTGTCTTCTTTTGCGCCGTTAATAACCACTGTCGCA > CP042583/1539692‑1540251 ||| ataaACGGGGATTTCGCTTCTTCGGCTGCGTCGATAACGCCCATCAACATTTCTGCATTCCATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATAGCCCTGAAGAAAt < 1:1108705/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |