| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,547,998 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,547,998 | 0 | G | C | 99.7% | 868.3 / NA | 365 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,547,999 | 0 | C | G | 100.0% | 869.1 / NA | 365 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (178/187); total (178/187) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,548,000 | 0 | T | A | 100.0% | 874.2 / NA | 365 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (178/187); total (178/187) | |||||||||||
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
GTAATGCAAAACAGGGCGTGACGCCCTGTTTTTATGCACAAAATGCCCTGGAAAGATGCATTATCAGAATTTGTAGGTGATCCCGGTAGAAATCAGGCCAGTCCAGGATTTATCCACCATCGGGCTGTCAGTAACTTCATCAGACAGACGGGTGTAGCGTGCGGTACCGTAAACACTCCAGTCGCCGAGGAAGTTGTAGCTGGCGCTCAGCTCCAGGTAAGGGCTCCAGCTGTCGTTCGGGTTATAGCCACGCAGACCGCTGCGAGCGGACTCTTTGCGGCTTACGCCATAATAGTATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGGCTC > CP042583/1547719‑1548277 ||| gTAATGCAAAAAAGGGCGTGACGCCCTGGTTTTATGCACAAAATGCCCTGGAAAGATGCATTATCAGAATTTGTAGGTGATCCCGGTAGAAATCAGGCCAGTCCAGGATTTATCCACCATCGGGCTGTCAGTAACTTCATCAGACAGACGGGTGTAGCGTGCGGTACCGTAAACACTCCAGTCGCCGAGGAAGTTGTAGCTGGCGCTCAGCTCCAGGTAAGGGCTCCAGCTGTCGTTCGGGTTATAGCCACGCAGACCGCTGCGAGCGGACTCTTTGCGCGATACGCCa < 1:1737340/289‑1 (MQ=255) 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cTGTTTTTATGCACAAAATGGCCTGGAAAGATGCATTATCAGAATTTGTAGGTGATCCCGGTAGAAATCAGGCCAGTCCAGGATTTATCCACCATCGGGCTGTCAGTAACTTCATCAGACAGACGGGTGTAGCGTGCGGTACCGTAAACACTCCAGTCGCCGAGGAAGTTGTAGCTGGCGCTCAGCTCCAGGTAAGGGCTCCAGCTGTCGTTCGGGTTATAGCCACGCAGACCGCTGCGAGCGGACTCTTTGCGCGATACGCCATAATAGTATTCGTTCTGGTTTTCGc < 1:1973557/289‑1 (MQ=255) ttttATGCACAAAATGCCCTGGAAAGATGCATTATCAGAATTTGTAGGTGATCCCGGTAGAAATCAGGCCAGTCCAGGATTTATCCACCATCGGGCTGTCAGTAACTTCATCAGACAGACGGGTGTAGCGTGCGGTACCGTAAACACTCCAGTCGCCGAGGAAGTTGTAGCTGGCGCTCAGCTCCAGGTAAGGGCTCCAGCTGTCGTTCGGGTTATAGCCACGCAGACCGCTGCGAGCGGACTCTTTGCGCGATACGCCATAATAGTATTCGTTCTGGTTTTCGCTGtt < 1:2087078/289‑1 (MQ=255) tttATGCACAAAATGCCCTGGAAAGATGCATTATCAGAATTTGTAGGTGATCCCGGTAGAAATCAGGCCAGTCCAGGATTTATCCACCATCGGGCTGTCAGTAACTTCATCAGACAGACGGGTGTAGCGTGCGGTACCGTAAACACTCCAGTCGCCGAGGAAGTTGTAGCTGGCGCTCAGCTCCAGGTAAGGGCTCCAGCTGTCGTTCGGGTTATAGCCACGCAGACCGCTGCGAGCGGACTCTTTGCGCGATACGCCATAATAGTATTCGTTCAGGTTTTCGCTGTTc < 1:605562/289‑1 (MQ=255) 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GTAATGCAAAACAGGGCGTGACGCCCTGTTTTTATGCACAAAATGCCCTGGAAAGATGCATTATCAGAATTTGTAGGTGATCCCGGTAGAAATCAGGCCAGTCCAGGATTTATCCACCATCGGGCTGTCAGTAACTTCATCAGACAGACGGGTGTAGCGTGCGGTACCGTAAACACTCCAGTCGCCGAGGAAGTTGTAGCTGGCGCTCAGCTCCAGGTAAGGGCTCCAGCTGTCGTTCGGGTTATAGCCACGCAGACCGCTGCGAGCGGACTCTTTGCGGCTTACGCCATAATAGTATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGGCTC > CP042583/1547719‑1548277 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |