| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,555,190 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,555,190 | 0 | A | T | 98.8% | 819.2 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (170/172); minor base C (2/2); total (172/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,555,191 | 0 | G | C | 99.4% | 821.0 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (172/174); total (172/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,555,192 | 0 | T | A | 100.0% | 829.2 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (172/176); total (172/176) | |||||||||||
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
TCCTTCCTGCAGCAAGCGTAAAGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTAGTATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCAGTACCTTGATTCACAGCTTTCTGAACTGGAAAAGTCTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTAGCCTGATTGTGGGGAAACAGTAATTATTGCCGCGGGTCTGGTTTCGCACTTTGTGGGGAAACAGTAGTTAATCT > CP042583/1554912‑1555468 ||| cctGCAGCAAGCGTAAAGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTcact < 1:2508916/289‑2 (MQ=255) cgtcaGCGTCAAGTAAGCATGCTTATGATGTGTTGGCAAGAAGAGCACGTTGTTTACTGTCACTTCGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATGAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTGTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACAGCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAACACAAGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCTTCGCCGGCGGGACGCTACCGCCCTCAAGCTTGATTaacgcattt < 2:1615360/285‑7 (MQ=255) aaaGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTgg < 1:1239252/289‑1 (MQ=255) aGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGaa < 2:924805/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |