Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,561,645 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,561,645 | 0 | A | T | 99.4% | 783.0 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,561,646 | 0 | C | G | 99.4% | 776.2 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (156/167); minor base A (0/2); total (157/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,561,647 | 0 | T | A | 99.7% | 785.3 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (157/168); minor base G (0/1); total (157/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
TAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGACTAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCACTCGTCGCCAGCCTACTAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTAAATGACCACTGGCAATGTTTTCGCTAACATCCCACCAGGAACGCAGAGCAATCCCCTGCCCATCGAGACA‑CCACTGATGGACAATTTCTCCATGATTAGAGCTCAGTGGGCCGGTGACTTTAATCGCATGGGGGCCTTCTTTATTGCGTAATTGCCAGACACCAAAAGGATGATCGCGCTCTTTAATGACCAGGCACGGCAATGCAGAAAGATCGGTTAA > CP042583/1561365‑1561923 ||| tAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATa < 1:971600/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |