Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,574,847 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,574,847 | 0 | A | T | 100.0% | 664.9 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,574,848 | 0 | G | C | 99.6% | 659.4 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (168/109); total (169/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,574,849 | 0 | T | A | 100.0% | 673.3 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (169/110); total (169/110) |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
GTTTTCTTTCTTAGCTGAACAATCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTAAGTGCGCCAACACCAAGTAGCATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTAGTACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGA > CP042583/1574579‑1575127 ||| ttttCTTTCTTAGCTGAACAATCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGttcg < 2:1071691/288‑4 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |