Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,574,865 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,574,865 | 0 | A | T | 99.4% | 737.6 / ‑5.6 | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,574,866 | 0 | G | C | 99.4% | 734.1 / ‑5.0 | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (183/125); minor base A (0/2); total (184/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,574,867 | 0 | C | G | 99.7% | 735.1 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (182/127); total (184/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
TCTTAGCTGAACAATCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTAAGTGCGCCAACACCAA‑GTAGCATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTAGTACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACAT > CP042583/1574587‑1575142 ||| aGCTGAACAATCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAA‑GTTCGATGAATGAAAGc < 1:1849014/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |