| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,579,744 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,579,744 | 0 | A | T | 100.0% | 793.8 / NA | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (160/171); total (160/171) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,579,745 | 0 | G | C | 99.7% | 783.1 / NA | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (159/170); total (160/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,579,746 | 0 | C | G | 99.4% | 790.9 / NA | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (159/170); total (160/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
GAACTTCCTGCACCGCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTAGCCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCGTC > CP042583/1579465‑1580020 ||| gAACTTCCTGCACCGCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCt < 2:976398/289‑1 (MQ=255) ccTGCACCGCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTGGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCtt < 1:523540/289‑1 (MQ=255) ccGCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCa < 2:1477832/289‑1 (MQ=255) gCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCAtt < 1:2164066/289‑1 (MQ=255) ttttACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTaa < 1:275301/289‑1 (MQ=255) gACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGTTCCgggg > 2:2357118/1‑289 (MQ=255) tCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTa < 1:798128/288‑1 (MQ=255) 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aTTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCt < 2:1948606/238‑1 (MQ=255) aTTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCtggcatgg > 2:633182/1‑288 (MQ=255) aTTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAACGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGACACCTATCAGGTTTCTTCGCAACGCCTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCCACGgcggcggctgcg > 2:68982/1‑279 (MQ=255) tAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCAc < 1:1495339/289‑1 (MQ=255) aaGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGTCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTa < 2:1068127/289‑1 (MQ=255) aaGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTa < 2:801129/289‑1 (MQ=255) aaGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTa < 1:955899/289‑1 (MQ=255) aaGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCAGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCtggc < 2:555972/280‑1 (MQ=255) gTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCAtt > 1:2078008/1‑242 (MQ=255) 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tCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCa > 1:401751/1‑289 (MQ=255) aTTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCtgg > 1:447858/1‑262 (MQ=255) aTTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCtgg < 2:447858/262‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |