Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 496,035 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 496,035 | 0 | A | T | 99.7% | 858.2 / NA | 363 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 496,036 | 0 | G | C | 98.4% | 839.6 / NA | 363 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/5); new base C (187/170); total (188/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 496,037 | 0 | C | G | 99.7% | 862.7 / NA | 363 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (187/174); minor base T (1/0); total (188/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 363 total aligned reads displayed.
ATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTGATGGCAAGGCATTGTAATGAATAAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCAGTATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTAGCGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGAGTTTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCAAGCCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATC > CP042583/495755‑496316 ||| ttCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTGATGGCAAGGCATTGTAATGAATAAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACcgg > 1:2167193/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |