| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,586,828 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,586,828 | 0 | A | T | 99.6% | 659.4 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (138/139); minor base C (1/0); total (139/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,586,829 | 0 | G | C | 97.9% | 656.2 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (138/135); minor base A (1/5); total (139/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,586,830 | 0 | T | A | 100.0% | 666.5 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (139/140); total (139/140) | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
GAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGAGTACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCAGTATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCC‑AGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATGCGACGGCTTCATCACCGCGAAGACGCATCGGATAACACAACTCCGCACTCTGCTGTAATGTAAAACCTTCC > CP042583/1586554‑1587109 ||| gAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGaaa > 2:1449286/1‑289 (MQ=255) aaCCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGTTGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGaaaa > 1:2644416/1‑289 (MQ=255) aaCCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGaaaa > 2:549596/1‑289 (MQ=255) cTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCg > 1:2350951/1‑289 (MQ=255) 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tttATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCC‑AGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATGCGACGGCTTCATCACCGCGAAGACGCATCGGATAACACAACTCCGCa > 1:2668578/1‑267 (MQ=255) ||| GAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGAGTACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCAGTATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCC‑AGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATGCGACGGCTTCATCACCGCGAAGACGCATCGGATAACACAACTCCGCACTCTGCTGTAATGTAAAACCTTCC > CP042583/1586554‑1587109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |