Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,591,245 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,591,245 | 0 | A | T | 99.3% | 669.1 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (140/141); minor base C (2/0); total (142/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,591,246 | 0 | G | C | 99.7% | 666.3 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (142/140); total (142/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,591,247 | 0 | C | G | 99.7% | 663.7 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (142/140); total (142/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
CCATTGCCCCAGCGATACGGTGCGATATTAACCATTGTGATTGGTATTAGCATGGCCGTCCTTGACGGCGCAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGTTCCATCTGGGTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCAGCTTTAGCTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTAGTCTGTTCTGCGCCCTTTCTGATAGCCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACAGCTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCC‑ATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATG > CP042583/1590966‑1591521 ||| ccATTGCCCCAGCGATACGGTGCGATATTAACCATTGTGATTGGTATTTCGATGGCCGTCCTTGACGGCGCAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGTTCCATCTGGGTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCaaa > 2:1238494/1‑289 (MQ=255) 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tGGTATTTCGATGGCCGTCCTTGACGGCGCAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGTTCCATCTGGGTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCa < 1:1493358/289‑1 (MQ=255) gagagCCGTGCTTGACGGCGCAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCAACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGTTCCATCTGGGTAGTTAACGTCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCGTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTtgatg < 2:1710807/285‑1 (MQ=255) gaTGGCCGTCCTTGACGGCGCAATCGCCACCGTCGCCCTGCCATCAATCGCCACGGACCTGCATGCCACGCCAGCCAGTTCCATCTGGGTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGTTTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTtgatg < 1:1219347/288‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |