| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,591,374 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,591,374 | 0 | A | T | 98.5% | 629.2 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (143/121); minor base G (1/3); total (144/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,591,375 | 0 | G | C | 99.2% | 628.1 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (142/124); total (144/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,591,376 | 0 | C | G | 99.2% | 631.9 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (144/122); minor base T (0/2); total (144/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TCCATCTGGGTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCAGCTTTAGCTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTAGTCTGTTCTGCGCCCTTTCTGATAGCCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACAGCTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCC‑ATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAAAGCCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGG > CP042583/1591095‑1591653 ||| gTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGtc > 2:108401/1‑288 (MQ=255) gTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGtc > 1:510732/1‑288 (MQ=255) gTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGCTTGGCTATCCACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCCCCCTTTCTCATTCGCTTCAAATGGTCACCCGTGCGCGTGTCATACTAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGAGGAGCGTTAATATCGCACTTATCCTCCTTATCAACCCAACACGTTCTCCGGGTTGAGTGCCGGGCAAAAACTGGTTTATTATTGCCCtc > 2:153590/1‑288 (MQ=255) tGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGTTAGAGGGATGGGCATAAACTCGTTTAttgtt > 2:1207695/1‑278 (MQ=255) gCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGCTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATCCAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTATAGGGATGGACATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTctgct > 1:2447055/1‑288 (MQ=255) ccTATCAAATCGCCATTGTCATCTTCCTGCTCTCGTTTTTGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTTATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCCGCGGTGCAGCGTTTATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCCGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTctgctg > 1:1941233/1‑288 (MQ=255) tCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGAGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCCCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGATGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGGCgg > 1:900511/1‑288 (MQ=255) aaTCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCg < 2:456619/289‑1 (MQ=255) tCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGAc > 2:2272545/1‑289 (MQ=255) cGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACa < 1:888273/289‑1 (MQ=255) 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gctctcgttttcgtttCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGAGCCGACAATTGCTGCAGCAATCct > 1:2052049/14‑288 (MQ=255) tcgttttcgtttCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTTTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCC‑a < 2:1313668/280‑1 (MQ=255) ttttcgtttCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTgcag > 2:1288128/7‑274 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |