| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,591,626 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,591,626 | 0 | A | T | 99.7% | 742.5 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (173/138); minor base G (1/0); total (174/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,591,627 | 0 | G | C | 99.4% | 733.1 / ‑4.7 | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (173/136); minor base T (1/1); total (174/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,591,628 | 0 | C | G | 99.7% | 741.1 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (173/138); total (174/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
TTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACAGCTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAAAGCCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTATCCCGCTGTTTAGTCTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCG > CP042583/1591347‑1591904 ||| tttCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGTAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGt > 1:2721394/1‑289 (MQ=255) agGGATGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCg > 1:1492735/1‑289 (MQ=255) gATGGGCATAAACTCGTTTATTTTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGa < 2:447342/288‑1 (MQ=255) tGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGATATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACCGCGTTGAGTGGTTTCGCCCAGGGCCAATCCCTGACGTTAATTGCTGCGGaagt > 2:2159264/1‑287 (MQ=255) tGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGa > 1:1391220/1‑286 (MQ=255) tGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTACGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGa > 1:1463900/1‑286 (MQ=255) actcgtttATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCGGCCGTTAATTGCTGCGGAACCGGCGGTAAt > 2:89693/6‑289 (MQ=255) ccGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTcgcc > 2:688818/1‑288 (MQ=255) cAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTtc < 2:1233584/289‑1 (MQ=255) aaaTTGATGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAATTGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTCTCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTtc < 2:2310670/288‑1 (MQ=255) 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ctcCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTa < 1:1785515/289‑1 (MQ=255) ccATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTggtggt > 2:1512896/1‑226 (MQ=255) aTCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCgg < 1:230992/289‑1 (MQ=255) 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aGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTATCCCGCTGTTTTCACTTTCTATTTGc > 1:472403/1‑289 (MQ=255) gTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTATCCCGCTGTTTTCACTTTCTATTTGca < 2:472403/288‑1 (MQ=255) gttatCGCCGTGCTTGTGGGGATGCGTTTTCTGCTACCCAATTGTTCTCGCGCGAGTAAAGCACGTTGCGTACTGCGCAGCGTGGTGATGGACGCGGTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAGTCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTTGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTGTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTATCCCGCTGTTTTCACTTTCTATTTGcaca < 2:2201323/287‑1 (MQ=255) attatCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTATCCCGCTGTTTTCACTTTCTATTTGcaca < 2:1587981/288‑1 (MQ=255) tatCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCgg > 1:783953/1‑242 (MQ=255) tatCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTATCCCGCTGTTTTCACTTTCTATTTGCACATCt > 2:75928/1‑289 (MQ=255) 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