| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,591,749 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,591,749 | 0 | A | T | 99.7% | 909.9 / NA | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,591,750 | 0 | G | C | 99.7% | 906.7 / NA | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (193/187); minor base T (1/0); total (195/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,591,751 | 0 | T | A | 98.4% | 890.9 / NA | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (190/185); minor base C (4/2); total (195/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 382 total aligned reads displayed.
ACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAAAGCCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTAT‑CCCGCTGTTTAGTCTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACA‑GGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCT‑GGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGAGTCCTGCGGATATCAATATTATC > CP042583/1591469‑1592030 ||| gTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTAT‑CCCGCTGTTTTCACTTTCTAtt < 1:688818/289‑1 (MQ=255) 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ACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAAAGCCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTAT‑CCCGCTGTTTAGTCTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACA‑GGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCT‑GGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGAGTCCTGCGGATATCAATATTATC > CP042583/1591469‑1592030 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |