| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,597,536 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,597,536 | 0 | A | T | 99.7% | 887.4 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,597,537 | 0 | G | C | 100.0% | 883.2 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (190/179); total (190/179) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,597,538 | 0 | T | A | 99.5% | 887.1 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (189/178); minor base C (1/1); total (190/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
GGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGAGTCATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTACGCCTGCGTCGCCGTCATAGTCTGCAAAAATGCTGGGCGGCGCTGTTAGCGAGTATCGTTTTATTGTTACCTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATT > CP042583/1597257‑1597817 ||| ggCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTa > 2:1580318/1‑289 (MQ=255) cgatgcgatAACGGGGTCGATTGTCTTTTTCTTCGTTATTGGTGCCCCGTTCATTCTTGTGGCCTCCATAGCTTATTTATTGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCTGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTaa < 1:690081/288‑1 (MQ=255) tAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCgaag < 1:1578982/288‑1 (MQ=255) actgggtcgttGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTACAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAAc < 2:79857/279‑1 (MQ=255) 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cGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCa > 2:2703566/1‑288 (MQ=255) tATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAgcg < 2:410998/288‑1 (MQ=255) aTTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAacgc > 1:1516729/1‑288 (MQ=255) 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cGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTAcgcg < 1:2429428/289‑1 (MQ=255) gCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGt > 1:1198473/1‑289 (MQ=255) ccTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACt < 1:272444/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |