Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,598,391 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,598,391 | 0 | A | T | 99.7% | 748.7 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (150/163); total (151/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,598,392 | 0 | G | C | 99.7% | 749.0 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (151/163); minor base A (0/1); total (151/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,598,393 | 0 | C | G | 100.0% | 757.2 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (151/164); total (151/164) |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
GTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGAGTGGAAACGCCCGCTTCGACGACTGAATAACCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGTCAGGAAACGCCCGCTAGCACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCAGTCCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGAGCGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATCAGGGCGTTGAAGTCGGAACAGTGCAGGATATCAGCCTCAGCGACGATCTTCGTAAGATTGAAGTCAAGGTCAGCATCAAGTCCGATATGAAAGATGCGCTGCGCGAAGAGACTCAGTTCTGGCTGGTGACGCCAAAAGCAAGCTTGGCAGGTGTCTCCGGGCTGGACGCCCTCGTCGGTGGGAACTATATCGGCATGATGCCGGGTAAAGGTAAAGAGCAGGATCACTTTGTCGCA > CP042583/1598115‑1598669 ||| gcgatcagatcctcgcttttactgtgggaccggctgcgttttatttcggcgcagcggtaattttgactattcttgctgtggaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTa < 1:1146017‑M2/151‑1 (MQ=255) gcgatcagatcctcgcttttactatgggaccggctgcgttttatttcggcgcagcggtaattttgactattcttgctgtggaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTa < 1:2203440‑M2/151‑1 (MQ=255) gcgatcagatcctcgcttttactatgggaccggctgcgttttatttcggcgcagcggtaattttgactattcttgctgtggaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTa < 1:2668155‑M2/151‑1 (MQ=255) cgatcagatcctcgcttgtactaggggaccggctgcggtttatttcggcgcagcggtaattttgactattcttgctgtggaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcacgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTa < 1:1250788‑M2/151‑1 (MQ=255) cgcttttactatgggaccggctgcgttttatttcggcgcagcggtaattttgactattcttgctgtggaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCg > 2:501549‑M2/126‑289 (MQ=255) ggaccggctgcgttttatttcggcgcagcggtaattttgactattcttgctgtggaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTACAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTTGCTGATTTGGGACAGGTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACGTTATGTCGGCGGATGGTATTGCTCCAGgccgtacgcatttccgt > 2:2633683‑M2/113‑281 (MQ=255) cggctgcgttttatttcggcgcagcggtaatgactattcttgctgtggaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATCAgg > 1:1684018‑M2/106‑289 (MQ=255) 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cgcagcggtaattttgactattcttgctgtggaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATCAGGGCGTTGAAGTCGGaa < 1:1113636‑M2/199‑1 (MQ=255) agcggtaatttggactattcttgctgtggagtggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATCAGGGCGTTGAAGTCGGAACAg < 1:2297040‑M2/202‑1 (MQ=255) ggtaattttgactattcttgctgtggaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATCAGGGCGTTGAAGTCGGAACAGTg < 1:1038679‑M2/204‑1 (MQ=255) gactattcttgctgtggaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATCAGGGCGtt > 1:1438510‑M2/75‑263 (MQ=255) gactattcttgctgtggaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATCAGGGCGtt < 2:1438510‑M2/189‑1 (MQ=255) actattcttgctgtggaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATCAGGGCGTTGAAGTCGGAACAGTGCAGGATATCAg > 2:877595‑M2/74‑288 (MQ=255) 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gaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATCAGGGCGtt > 2:1620480‑M2/59‑247 (MQ=255) gaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATCAGGGCGTTGAAGTCGGAACAGTGCAGGATATCAGCCTCAGCGACGATCt > 1:2011571‑M2/59‑288 (MQ=255) ggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATTAGGGCGTTGAAGTCGGaa > 2:1956303‑M2/55‑253 (MQ=255) ggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTa > 2:1308979‑M2/51‑201 (MQ=255) ggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATCAGGGCGTTGAAGTCGGAACAGTGCAGGATATCAGCCTCAGCGACGATCTTCGTAAGAt < 1:1272303‑M2/239‑1 (MQ=255) cagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATCAGGGCGTTGAAGTCGGAACAGTGCAGGATATCAGCCTCAGCGACGATCTTCGTAAGATTGa > 1:1313284‑M2/48‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |