| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,600,338 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,600,338 | 0 | A | T | 99.3% | 677.4 / ‑5.5 | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (131/157); minor base C (1/1); total (132/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,600,339 | 0 | G | C | 99.3% | 672.4 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (131/158); total (132/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,600,340 | 0 | C | G | 99.7% | 679.8 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (130/158); total (132/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
GCCAGCGCCAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCAGTGTGGTCACACCGCAAATTAGCGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATAGCCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTAGCTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGAGTGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACG > CP042583/1600059‑1600618 ||| cAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAg < 1:1503977/289‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAg < 1:1343009/289‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAg < 2:1821940/289‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAg < 2:820361/289‑1 (MQ=255) gTAAAGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCt < 1:782230/286‑1 (MQ=255) aGGCGATAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACt < 1:46365/289‑1 (MQ=255) aTAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAtcc > 1:1017530/1‑288 (MQ=255) aTAAGCGTATTCTGTATGCTTCCGAAACAGCGGCCCGTGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGGTGAGCATCTTGATACTAtcc > 1:142989/1‑288 (MQ=255) aagctgatgcTGTATGCTCACGAAACAGCGGCCCGTGCGGTCGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCGTTCGGTGCCGGAAAGCTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAtcctcc < 2:1952217/280‑1 (MQ=255) aaGCGTTTTCTTTTTGCTTCCGAAACGGCGGCCCGGGCGGTTGGCGGGCAGATTACGCTTCACGCTTTCGATGCCGGAAAACTGGCGGTCGGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTAtcctcc < 2:2155953/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |