Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,600,581 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,600,581 | 0 | A | T | 99.3% | 723.8 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,600,582 | 0 | G | C | 99.7% | 723.6 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (167/136); minor base T (1/0); total (168/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,600,583 | 0 | T | A | 99.3% | 727.4 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (166/136); minor base C (2/0); total (168/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
GGTGGTACGCGCTTCAGTGTGGTCACACCGCAAATTAGCGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATAGCCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTAGCTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGAGTGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTGGTTGGCAAGCGGTTACAGTCTGGACTTTGGTCTGACGGGCGGCGTAGTGAAAACCGGCACCTTTAACCAGTTTATCCGTGGCGGCATCGCCTTCGCCACGCCTCCGGGTACGCCACTGGCACCGAAAGCCCAGGAAGGCAAACACTTCCTGTTGCAGGAAAGTGAACCGAAAGAGTGGCGTGAATGGGGAACTGCGCTTCCCAAATA > CP042583/1600302‑1600861 ||| aCGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑tgatga < 1:2135433/289‑1 (MQ=255) tCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAg > 1:386885/1‑289 (MQ=255) tCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAg > 2:488737/1‑289 (MQ=255) acacCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGAT‑GCGTTGATTATTGCGATGCGGCTCAGTa > 2:1405328/1‑289 (MQ=255) cacCGCAGACTACGGCCGCTGGCGGTGAGGAGCTTGATACTATCCGCCAGCCGTATATCAACGGCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTaa < 2:214376/289‑1 (MQ=255) ccgaaaatttcggcAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAAc < 1:1405328/277‑1 (MQ=255) ccGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAAc < 1:2562488/289‑1 (MQ=255) cGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACg < 1:146811/289‑1 (MQ=255) caaatttcggcAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCt > 1:1527461/10‑289 (MQ=255) atttcggcgggtGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCTGAAATCAACGGCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATc < 2:2010219/278‑1 (MQ=255) ggcAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTCAACGCTATCAaca > 1:481713/2‑288 (MQ=255) aactaggtACTATCCTCCATCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGTGCGAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTAATGGTTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TTATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAAtt < 2:2585560/281‑1 (MQ=255) tCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTGACAGGAATGCCGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCCTCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACattgcc > 2:1169913/1‑284 (MQ=255) tATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTgg < 2:949380/289‑1 (MQ=255) tcctccAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATgcg < 2:2113678/238‑1 (MQ=255) tcctccAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATgcg > 1:2113678/1‑238 (MQ=255) tcctccAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAAc > 1:1192671/1‑249 (MQ=255) tcctccAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTGGtt > 2:733526/1‑289 (MQ=255) tcctccAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTGGtt > 1:995518/1‑289 (MQ=255) 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cAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTGGTTGGCa > 2:553973/1‑288 (MQ=255) tataTCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTGGTTGGCatcgggtt < 1:1313626/289‑8 (MQ=255) tataTCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTGGTTGGCatcgggtt > 1:2656472/1‑282 (MQ=255) atatCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTGGTTGGCatcgggtta < 1:1004184/289‑9 (MQ=255) atatCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTGGTTGGCatcgggtta < 1:1502681/289‑9 (MQ=255) atCAACGGCGACACAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGGTTCGGGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTGGTTGGCATCGGGTTACa < 2:1487700/289‑1 (MQ=255) aCGTCGCACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACCGTTACAGTAATGACGCTGTGGCCATTGTCAGATTGCG‑TGATGATTTCGCTTCGCCTCCGTCATCTCTGCCAACACCTGTGTTGGAACCATTCCGTCTTCGTGTTGGTCACGGGTTACatg > 2:1816871/1‑285 (MQ=255) cAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTGGTTGGCATCGGGTTACAGTCTGGACTTTGGTCTGACggg < 2:286249/288‑1 (MQ=255) gccgcGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGTCAGATCGCG‑TGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTg > 2:339290/1‑221 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |