Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,605,680 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,605,680 | 0 | A | T | 99.6% | 554.9 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (104/126); minor base G (1/0); total (105/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,605,681 | 0 | C | G | 99.6% | 544.0 / ‑5.4 | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (105/124); minor base A (0/1); total (105/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,605,682 | 0 | T | A | 100.0% | 554.3 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (105/126); total (105/126) |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GGGTTTCAGGCTATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCGCTGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAAGCTAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTACTAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATAACCT‑TGTCTAATGTCTGAGTCGAGGATCATCAATTCCGGCTTGCCATCCTGGCTCACTCTTAGTAACTTTTGCCCGCGAATGATGAGGAGATTAAGAATGCTGAAGAATCTGGCTAAACTGGATCAAACAGAAATGGATAAAGTGAATGTCGATTTGGCGGCGGCCGGGGTGGCATTTAAAGAACGCTACAATATGCCGGTGATCGCTGAAGCGGTTGAACGTGAACAG > CP042583/1605395‑1605958 ||| tcagcgaaTCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGAGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCat > 1:2709634/8‑289 (MQ=255) 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aaTCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGtaat < 1:2471048/289‑1 (MQ=255) aaTCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGtaat < 2:188734/289‑1 (MQ=255) ttttGGTTCTTCTCATTTCGCTTCGCCGGTTATGTTTTCATATTTTCGTTGTTTGGCCCCGTGATTTTTGCCCCACTGAATCCTGTTTCAACACCGTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTa < 2:2523639/289‑1 (MQ=255) 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ttGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACa < 1:1832599/289‑1 (MQ=255) tGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCata > 1:137244/1‑249 (MQ=255) tGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTTGAAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATa > 1:2041376/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |