| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 498,737 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (136/118); total (136/118) | |||||||||||
| * | CP042583 | 498,739 | 0 | C | G | 99.6% | 595.8 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (135/118); minor base T (1/0); total (136/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
ACGAGTCTGGCTGAGGAAGTACAGCAGACCATGGCAACACTTGCGCCCAATCGCTTTTTCTTTATGAGC‑CCGTACCGCAGTTTTACGACGAGTGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATAGCCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCCTAGCAGCCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGAGCTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGAGCCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGAGTCGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGATGGTG > CP042583/498458‑499016 ||| acgtcacTGGCTGAGGAAGTACAGCAGACCATGGCAACACTTGCGCCCAATCGCTTTTTCTTTATGTCG‑CCGTACCGCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGCCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCAACAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCCTTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCTTTCTcc > 2:2332411/7‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |